曾经,一个高度发达的先进种族Ancient以地球为基地,几百万年前,不知什么原因,他们离开地球去了某地,在南极只留下一个前哨站。亚特兰蒂斯的故事紧接着《星际之门:SG-1》的第七季,在Jack O’Neill将军用前哨站的一种Ancient武器消灭前来攻击地区的Goa’uld人的舰队之後,各国合作建立了南极联盟,为研究前哨站里的Ancient科技、促进国际合作与和平而共同努力。在研究过程中,他们发现了Ancient离开地球后所去的地方——飞马座星系。